近年来，随着动物医疗水平的提高，内窥镜在动物诊疗方面的应用逐渐增多。应用于犬猫疾病方面的内窥镜主要有腹腔镜、胸腔镜、胃镜、肠镜等，而在犬猫疾病中应用多的是腹腔镜和消化系统内窥镜。

尤其是用于消化系统检查的电子内窥镜，它能将真实、清晰的图像显示在屏幕上，可供多人进行观摩、诊断，有利于教学、科研。

消化系统电子内窥镜是通过动物的自然通道，进入腔体，直接观察动物的消化道腔壁的正常、病变情况和消化道粘膜的形态改变。可用于诊断食道炎、食道出血、食道平滑肌瘤、胃出血、胃溃疡、胃肿瘤、溃疡性结肠炎、结肠息肉等疾病。

另外对动物误吞的异物如：硬币、戒指、纽扣、布条、别针、缝针、筷子、牙刷、笔以及鱼刺、骨头等，在直接可视的状态下，使用各种式样不同的工具（异物钳）取出异物，避免了手术的创伤。